Целью деятельности Органа является снижение негативного воздействия на окружающую среду и рациональное использование водных ресурсов и объектов животного мира (п. 2 в ред. постановления Губернатора Томской области от 15.07.2010 N 49)

Задачами деятельности Органа являются:

- обеспечение осуществления государственного контроля в области охраны окружающей среды (государственного экологического контроля) на объектах хозяйственной и иной деятельности независимо от форм собственности, находящихся на территории Томской области, за исключением объектов хозяйственной и иной деятельности, подлежащих федеральному государственному экологическому контролю;
- организация и развитие системы экологического образования и формирования экологической культуры на территории Томской области;
- обеспечение охраны и воспроизводства объектов животного мира на территории заказников и иных особо охраняемых природных территориях областного значения;
- обеспечение рационального использования водных ресурсов и объектов животного мира. (п. 3 в ред. постановления Губернатора Томской области от 15.07.2010 N 49)